1. Кернохранилище - заместитель директора Амшинский А.Н.
1.1. Отдел "Обработки и хранения материальных носителей первичной геологической информации" - Гасанов О. Г.
1.2. Сектор «Информационно-методического сопровождения» - Клавдиева Н.В.

2.
2.1. Сектор «Палеонтологических коллекций» - Савельева Ю. Н.
2.2. Архивариус

3. Научно-Аналитический центр - заместитель директора Асташкин Д.А.
3.1. Сектор «Метрологии и аккредитации» - Ортман О.Р.
3.2. Лаборатория органической геохимии - Пайзанская И.Л.
3.3. Лаборатория седиментологии и литологических коллекций – Оленова К.Ю.
3.4. Лаборатория петрофизики - Капранова Е.А.
3.4.1. Группа "Цифровой керн"
3.4.2. Группа методики изучения коллекторских свойств
3.4.3. Группа исследования геомеханических свойств
3.5. Лаборатория потоковых исследований - Звездов А.В.
3.6. Шлифовальная мастерская - Мертвецов Д.Н.

4. Сектор «Гостиничных услуг» - Нижник М. Я.