Собственно Всероссийский научно-исследовательский геологический нефтяной институт (ВНИГНИ) был образован в результате объединения Московского филиала Всесоюзного нефтяного научно-исследовательского геологоразведочного института (ВНИГРИ), Государственной союзной специализированной конторы «Нефтегазосъемка», геохимического отделения Научно-исследовательского института геофизических и геохимических методов разведки (НИИГГР) и геологической части бывшего Всесоюзного научно-исследовательского института природных газов.
Сотрудники перечисленных организаций и подразделений, в соответствии с установленным порядком (в течение 15 дней), были переведены во вновь образованный институт, которому были переданы оборудование, помещения, транспорт и другое имущество. От Московского филиала ВНИГНИ унаследовал четырехэтажное здание на шоссе Энтузиастов, в котором размещается и поныне. Какие помещения отошли институту от Специализированной конторы «Нефтегазосъемка», в настоящее время судить трудно. Известно, что в 50-х годах сотрудники ВНИГНИ работали не только в зданиях на шоссе Энтузиастов, но и на улицах Дербеневской, 1-й Парковой и 14-й Парковой.
Директором ВНИГНИ был назначен Д.В. Жабрев, возглавлявший до этого Московский филиал ВНИГРИ.
Разработку структуры ВНИГНИ осуществила комиссия в составе: М.Ф. Мирчинка (председатель), А.А. Бакирова, Д.В. Жабрева, Б.П. Ясенева, Ф.А. Алексеева, Ф.М. Сахарова и Б.Я. Кудымова. Поскольку комиссия должна была учитывать структуру и кадровый состав организаций, вошедших в состав ВНИГНИ, структура института, утвержденная в 1953 году, получилась достаточно громоздкой. В головном институте были предусмотрены два отделения: геологическое и геохимическое, в той или иной мере ориентированные на решение задач, входивших в компетенцию МФ ВНИГРИ и конторы «Нефтегазосъемка».
В геологическое отделение, которое возглавил Л.И. Грдзелов, вошли: отдел полевой геологии (М.А. Сушкин), отдел опорного бурения (О.Д. Возвышаева), палеонтологический отдел (Б.П. Жижченко), литологический отдел (Н.С. Ильина) и картографо-геодезический отдел (Б.М. Комиссаров).
В палеонтологическом отделе было три лаборатории: микропалеонтологическая (Г.Д. Киреева), макрофаунистическая (А.И. Ляшенко) и палеофитологическая (Б.М. Персидский). В литологическом отделе - две лаборатории: петрографическая (М.Ф. Филиппова) и коллекторских свойств пород (А.А. Ханин).
Было образовано большое геохимическое отделение (начальник О.И. Бунин). В отделении насчитывалось 11 лабораторий: гидрохимическая (М.И. Суббота), природных каталитических процессов (Б.М. Накашидзе), микробиохимимческая (Т.Л. Гинзбург-Карагичева), газовая (И.М. Туркельтауб), рентгеновского и термического анализа (Е.Б. Проскурякова), спектрального анализа (А.А. Ильина), люминисцентная (Н.М. Галактионова), битумная (Э.Д. Гимпелевич), геохимии горных пород (П.С. Славин), комплексного геохимического каротажа (П.А. Левшунов), спецлабораторая (Б.М. Эпштейн).
Кроме того в структуре института были предусмотрены самостоятельные отделы, не входящие в состав отделений. Такими отделами явились: отдел экономических исследований (Н.И. Мордвин), отдел генезиса нефти и газа нефтяных и газовых месторождений (В.В. Вебер), отдел тектоники (П.С. Хохлов), отдел Прибалтики и Белоруссии (К.С. Маслов), отдел Центральных районов (С.К. Нечитайло), отдел Кавказа и Крыма (Г.Х. Дикенштейн), отдел Урало-Волжский (Д.С. Халтурин), отдел Прикаспия и Нижнего Поволжья (Я.Ш. Эвентов), отдел Средней Азии (А.В. Кучапин).
Бывшая контора «Нефтегазосъемка», в соответствии с приказом № 900, вошла в состав ВНИГНИ с геохимическими экспедициями: Московской (размещавшейся в поселке Раменское); Северо-Кавказской (г. Краснодар); Средне-Волжской (г. Саратов); Южно-Волжской (г. Куйбышев).
Таким образом, с первых дней своего существования ВНИГНИ приобрел многопрофильной характер научно-исследовательской деятельности – проводились экономические исследования, решались вопросы стратиграфии, литологии, тектоники, формирования залежей углеводородов, а также широкий круг задач геохимии нефти и газа. Необходимость выработки научно обоснованных направлений геологоразведочных работ на нефть и газ обусловило создание в институте отделов по изучению геологического строения и перспектив нефтегазоносности отдельных регионов. Региональные подразделения и поныне присутствуют в структуре института. Интересно, что на первых порах в институте существовал и самостоятельный тектонический отдел, возглавляемый в разное время В.В. Белоусовым, Ю.С. Косыгиным и П.С. Хохловым.
Многие сотрудники, которые были переведены во ВНИГНИ из МФ ВНИГРИ, конторы «Нефтегазосъемка», геохимического отделения НИИГГР, проработали во ВНИГНИ долгие годы до достижения пенсионного возраста или до последних своих дней. Среди них можно назвать: Анваера Б.И., Аржевского Г.А., Браташа В.В., Белякову Г.М., В.В., Бороздину З.И., Бирину Л.М., Бывшеву Т.В., Бояринову Л.А., Бунина О.И., Бурштара М.С., Вебера В.В., Веселовскую И.Г, Вуколову М.Ф., Гассанову И.Г., Гейне (Сазонову) И.Г., Галактионову Н.М., Геренбейна И.А., Горошкову В.А., Гурову А.Д., Далматкую И.И., Дикенштейна Г.Х., Дементьеву Г.В., Дроздова С.С., Елину Л.М., Ермолаеву З.В., Жабрева Д.В., Загоруйко Д.В.,Земцову Т.Н., Иванову З.П.,Ильина В.Д., Ильину Н.С., Ильинскую В.В., Каменецкого А.Е., Клевцову А.А., Клещева А.И., Клячкину Ф.Г., Комиссарова Б.М., Крылову А.И., Коршунову Е.М., Кузнецову Н.И., Кутузову В.В., Кучапина А.В., Ляшенко А.И., Ляшенко Г.П., Маслова К.М., Мехтиеву В.Л.,Милешину А.Г., Миняеву Е.Г., Муравьеву К.Ф., Нектарову М.Б., Нестеровскую Т.Н., Нечитайло С.К., Пальцеву Л.Е., Рождественскую Л.С., Сазонова Н.Т., Саидова М.Н., Сахновского С.А., Синицина Ф.Е., Скворцову Е.Н., Стельмаховича А.П., Субботу М.И., Субочева П.К., Суворова П.Г., Сушкина М.А., Тилес У.Г., Толмачевского А.А.,Туняк А.П., Ульянова А.В., Урванову В.Н., Усачеву Л.Ф., Филиппову М.Ф., Флерову О.В.,Фрухт Д.Л., Халтурина Д.С., Хохлова П.С., Хасину Г.И., Шебуеву И.Я., Шмелева И.А., Шишову А.И., Эвентова Я.Ш., Эпштейн Б.М, Ясеневу М.А.
Некоторые сотрудники ВНИГНИ (Л.М. Бирина, З.И. Бороздина И.Г. Гассанова, З.П. Ильина, Б.М. Комиссаров, С.К. Нечитайло, Е.Н. Скворцова, П.Г. Суворов, М.А. Сушкин, М.Ф. Филиппова, О.В. Флерова, П.С. Хохолов и др.) начали работать еще в Московском геологическом тресте, а затем автоматически были переведены в МФ ВНИГРИ, а позже во ВНИГНИ. Нечитайло С.К. в 1942-1944 годах был управляющим Мосгеолтреста, а в 1946-1947 годах – в этом же тресте директором научно-исследовательской лаборатории, еще два научных сотрудника ВНИГНИ – А.И. Клещев и П.Г. Суворов некоторое время исполняли обязанности управляющего Мосгеолтреста. П.Г. Суворов позже стал главным геологом треста.
К числу уникальных явлений следует отнести работу здравствующего и поныне Станислава Юрьевича Банковского. Начав свою трудовую деятельность в НГРИ в 1942 г., он последовательно переводился на работу в Мосгеолтрест, МФ ВНИГНИ и ВНИГНИ. Стаж работы С.Ю. Банковского «на одном месте» составляет более 65 лет.