В последнее десятилетие участие государства в поисках, разведке и добыче нефти и газа существенно сократилось. Основной задачей государственных органов управления фондом недр стала подготовка новых перспективных в отношении нефтегазоносности территорий, освоение которых через систему лицензирования могло бы обеспечить внутренние и экспортные потребности страны. Появилась необходимость разработки новых нормативно-правовых актов, определяющих отношения государства и недропользователя и правила ведения геологоразведочных работ и добычи полезных ископаемых. Соответственно были скорректированы направления деятельности института. Во главу угла были поставлены задачи, во-первых, участия в разработке и экспертизах программ геологоразведочных работ и лицензирования и, во-вторых, подготовка проектов методических руководств, регламентирующих работы по геологическому изучению недр, поискам, разведке и добыче углеводородов, экономической оценке месторождений и определению стартовых условий конкурсов и аукционов.
Поскольку выполнение поставленных задач невозможно без систематического анализа и обобщения новых геологических данных, изучения геологических (тектонических, литологических, стратиграфических, геохимических, петрофизических и др.) критериев нефтегазоносности, в структуре института, помимо региональных и методических подразделений, были выделены подразделения, обеспечивающие получение базовых геологических знаний.
Руководителями новых направлений и большинства отделов, секторов и лабораторий стали специалисты, выросшие в стенах института, ученики и продолжатели традиций, заложенных старшим поколением. Именно благодаря усилиям этих людей институт, несмотря на объективные трудности переходного периода, не только не растерял авторитет, доставшийся ему в наследство, но и приумножил его, утвердившись в роли ведущего в нефтегазовой геологической отрасли. В этом велика заслуга всего коллектива института, заместителей директора по научной работе В.И.Петерсилье и Н.К.Фортунатовой, руководителей научных отделов, секторов и лабораторий – Ю.П.Мирончева, В.И.Пороскуна, Б.А.Соловьева, О.М.Мкртчяна, В.Н.Мартоса, В.С.Шеина, М.В.Дахновой, А.Б.Кривицкого, А.Г.Швец-Тэнэта-Гурия, Э.Г.Рабица, Н.С.Сабанеева, М.И.Лоджевской, С.Д.Богданова, Г.Н.Розановой, С.М.Френкеля, А.Н.Кондратьева, М.М.Богданова, В.Н.Ларкина, А.А.Размышляева, Г.А.Киргинцевой, Ю.К.Юферова, А.В.Звездова, Д.А.Астафьева, И.П.Офмана, А.Г.Калошина, Н.И.Кошелева, П.Т.Савинкина, А.А.Голова, ученого секретаря И.В.Долматовой, главных научных сотрудников К.И.Багринцевой и А.И.Петрова, научных консультантов В.Д.Ильина и В.А.Теплицкого, Г.А.Габриэлянца, много лет проработавшего во ВНИГНИ, в т.ч. в должности директора в 1987-1989 гг., ставшего затем Министром геологии СССР, секретаря диссертационного совета Т.Д. Ивановой, заместителя директора по экономике А.Р.Юсиповой, заместителя директора по общим вопросам С.И.Гусева, руководителей административно-управленческих и вспомогательных подразделений – Л.А.Мурзиной, М.М.Волкова, Е.М.Масловой, М.А.Гадалиной, З.И.Щелкуновой, Н.В.Лукашенко, А.С.Козлова, Е.Ю.Цибиной, К.Е.Парфенова, С.А.Сычева, Н.В.Задорожкова, Н.А.Завгородней, Л.И.Мурзиной.
Опыт, накопленный за пятидесятилетнюю историю, высокий профессионализм, творческая активность и верность традициям являются важными факторами развития института в XXI веке.
К.А.Клещев